不知不觉时间已经来到的99年，这一届的拳皇格斗大赛是这由s公司举办的。
S全称是·SOUND（音巢）。S组织最初是个从事和平事业的贸易组织，是以s本人的名字命名的。他本人是个和平主义者。但他后来被自已的独生儿子伊格尼斯所杀，伊格尼斯把s彻底变成了一个庞大的军事组织，将S彻底变成一个实现自已野心的工具。
S拥有世界一流的科学技术，特别是在“生命体实验”上有着非常高的造诣，各种克隆草薙京的出现就是最好的证明。在S禁断的克隆技术下，制造出很多的人伦惨剧。
伊格尼斯为了为了实现自已成为‘神’的梦想，制定了“蔚蓝之神计划”——杀掉KOF冠军，然后君临天下。并且策划了一连串的恐怖袭击事件，不过都以失败而告终。最后他本人也在与K对决中陨落。
S组织相比大蛇一族和遥彼一族最大的不同是，它有着庞大的体系和鲜明的阶级，成员数量也是三个组织最多的。
而S组织以草薙京的血所克隆的第一个实验体就是有着一头白发的K。
K初登场的时候和草薙京一样，只有16、7岁，但K的傲慢和叛逆，则更胜一筹。如果说草薙京只是懒散和没有斗志的话，K就是一个十足的问题少年。
而这样一个问题少年，作为拳皇s篇的男主角，步入了我们的视线。
S组织剧情发生在KOF97最终之战的两年后，当年拯救世界的英雄草薙京也整整失踪了两年了。而这个时候，各大格斗家又收到了一封神秘的邀请函，参加KOF99格斗大会。为了寻找草薙京的下落，红丸与矢吹真吾也允诺参加大会，并合K'以及马克西姆一队。
K和马克西姆对红丸二人隐藏了自已的身份，其实两人是世界最大的组织s的手下，拥有火焰力量的K更是s杀手中的佼佼者。
在格斗大会的过程中，很多疑点也开始暴露出来。以海顿将军为首的国际佣兵组织发现了大量私人部队在全世界范围集结。
而令人无比惊讶的是，这些私人部队竟然全都是草薙京!
最终，K一行人来到了决赛的地下比武场，见到了这一次拳皇大赛的主办人：古力查里度。
他话不多说就和冠军队(也就是主角队)开始了战斗，而被击败后，他嘲笑了红丸等人的愚蠢，原来他穿的战斗服是用来收集最强的KOF获胜队的数据的,这些数据将被传送到全世界的克隆人草薙京身上，已完成对他们强化的最后一环。而这些s的克隆人部队将进攻世界各大要点并让整个世界陷入混乱，达到s统治世界的目的。在自认为万无一失之后，他烧掉了战斗服，告诉K，自已是组织s的干部，K不过是自已的克隆人罢了，而他现在要来除掉这个碍眼的克隆人了，然而讽刺的是古利查力度才是K的克隆人。
一番激战，K还是打败了古力查里度。无法接受自已败给自已克隆人事实的古力查里度，却忽然接到了上司的指令，原来在海顿将军为首的国际佣兵部队的围攻下，克隆人草薙京已经被全部击败，计划失败了。而作为失败者和弃子，古力查里度已经没有利用价值了。
而在这一场战斗后，K却察觉到了一个熟悉的感觉在靠近自已。
来人便是草薙京，原来s在大蛇与三神器的战斗过程中一直从旁窥测，直到最后分出胜负，本想等三神器负伤的时候坐收渔翁之利s却没料到强悍的大蛇居然如此废材，只得暂且退避，待草薙京放松警惕的时候偷袭了草薙京带回了研究基地。
在这两年里，s推行了两种研究，一种是实验如何让正常人驾驭草薙一族的火焰以提高战斗力，另一种就是克隆草薙京。K作为s第一种实验的一个试验品，在无数次的试验过程中，被清洗了过去的记忆。唯一熟悉的感觉就是草薙京。因此他觉得草薙京多多少少知道一点关于自已过去的信息，所以一直想找到草薙京。
其实草薙京对他的过去一无所知，他这种熟悉的感觉只是因为草薙之血的火焰之力在他体内植根而产生的亲切感罢了。
于是K和京进行了一场短暂的交锋，但是很快这一场战斗就被s打断了。古力查里度的上司毫不讳言的告诉K，他的力量就是来自于草薙京。这两年来为了研究，s从草薙京的体内抽走了大量的血液，导致了草薙京力量大幅弱化，本来可以被使用自如的无式也再也无法使用了。这让草薙京对s产生了无比的恨意，发誓一定要铲除s。
而s事后进行了仔细的调查，发现原来是八神一路寻找草薙京的踪迹，一直寻找到了s的秘密基地，并毁掉了整座基地，这才导致了京的逃脱。
而这一届的拳皇格斗大赛除了以往的老面孔外新加入了不少格斗家。
分别是K，马克西姆，薇普，包，藤堂香澄，李香绯，四条雏子以及金甲唤的师兄元劭。
由于这次大赛规则改变，分成了四人一组，所以参赛队伍只有七组。
选手休息处，“呐，师傅，这是这次大赛的选手名单，我们第一场的对手是特瑞他们的饿狼队！”雅典娜将名单递给镇元斋，现在的雅典娜上身穿的是露脐短衫，下身是火辣的超短裤，露出了性感的腰腹和大腿，那瀑布般的长发被她剪成了齐耳短发，少了一些青春，多了一些知性，镇元斋曾经问过雅典娜为什么剪短，她表示要跟过去跟任忠龙划清界限，迎接崭新的自已。
PS:
(音巢篇都想看的话那我就写长一点罗)
